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中山大学药学院(深圳)药物发现与评价教学软件采购项目

基本信息

项目编号 中大招(货)[2021]066号
项目名称 中山大学药学院(深圳)药物发现与评价教学软件采购项目
项目类型 货物采购 申购主题 药物发现与评价教学软件 采购单位 中山大学
项目预算 *** 采购开始时间 2021-02-23 12:12  采购结束时间 2021-03-01 09:00  是否送货
期望收货时间 合同签订后90天交货 经办人 刘老师 经办人电话 020-84115080
送货地址 深圳市光明区公常路中山大学深圳校区20栋药学院(深圳)
备注 1、合同模板请查看“中山大学·深圳”合同模板。2、国内供货请报含税人民币价;境外供货(进口)请报免税人民币价或外币价,报免税人民币价的公司必须有境外人民币收款账户。 3、进口货物中如有国内供货部分,供应商在报价时应分别报价,境外供货部分、国内供货部分的币种选择见第1条,并分别签订进口货物购销协议和国内采购合同;外贸代理费由供应商支付。4、技术参数中标注有“★”号的条款必须实质性响应,负偏离(不满足要求)将导致报价无效;5、本项目学校不收取任何费用。

设备列表

采购设备 数量 参考品牌 详细响应要求
药物发现与评价教学软件 2台 【Dassault】 【YASARA】 【Vlife】 详情请进入系统查看
"药物发现与评价教学软件"技术要求
序号 技术要求内容 评分等级 是否需要附件说明
1 软件必须是国际通用、技术成熟的商用软件,所有功能模块为原厂商开发并整合在统一的软件图形界面下使用。 重要
2 软件必须为标准“客户端 - 服务器”结构,两端可同时支持Windows(Windows 10 专业版)和Linux(Redhat8或centos8)操作系统,所有模块都支持工作流技术。 非常重要
3 所有模块必须能实现数据共享,同时能够在局域网上浮动运行。为保证全部软硬件系统的安全性、可维护性和保密性,所有模块在运行时只允许使用一个许可证加密文件。 重要
4 ★软件为学术永久使用权,自license激活之日起提供为期壹年的软件免费维护期。每套软件需提供至少30个用于教学的用户数, 2套共至少60个用户数。 非常重要
5 提供核心基础模块包,实现基本的分子结构显示、分子构建、结果分析、Perl编程、任务管理等工具,基于工作流技术实现软件所有模块之间的无缝操作链接流程。核心基础模块包主要功能包括:提供可视化界面,服务器/客户端安装在同一台机器上,提供化学/生物学数据显示、模拟/分析、构建三维分子、展示动态变化、三维作图及许多其它功能;包含经典的分子力学和动力学模拟工具,要求商业版本且与上述可视化界面完美结合、通过可视化界面或者命令行两种方式提交并完成计算任务,并包括基于CHARMm力场的柔性对接工具;蛋白质、肽类和核酸结构搭建、修改和分析的工具;可针对模建结果,进行蛋白质氨基酸侧链和loop区的优化,提高模建结果的合理性;包括动力学计算结果图形分析工具,能够分析和显示蛋白质、蛋白质与配体复合物的分子动力学轨迹文件;化合物和药效团叠合并打分,为结构修饰和改造提供信息;提供多样、完全且快速的构想模型生成工具,可产生化合物的多构象模型;可进行QM/MM计算;密度泛函量子力学计算工具,计算分子中与电子相关的描述符;提供Merck力场。 非常重要
6 提供基于小分子的设计工具包 ,主要功能包括:提供通过化学结构预测吸收、分布、代谢、排泄(ADME)和毒理性质的计算模型;化合物毒性预测工具,通过化合物的二维信息及高质量的QSAR模型,同时利用“最佳预测空间”评估验证技术,对各类有机化合物的毒理性质进行预测;建立和管理药效团数据库数据库,数据库中可以包括一维、二维、三维和形状属性;利用一维、二维、三维和形状作为联合检索条件,搜索药效团数据库;自动的药效团产生工具,包括原药效团数据库中三种生成药效团的方式;基于受体结构反推与受体相作用的小分子的药效团;基于分子形状产生药效团特征;基于药效团的片段生长药物设计方法;定量构效关系研究,可以快速计算近千种的分子拓扑描述符、分子指纹等基本性质,并进行分析和统计建模。可使用贝叶斯模型、遗传算法、偏最小二乘法以及多元线形回归等多种统计方法;设计和选择虚拟组合库。 重要
7 提供基于受体结构的小分子设计工具包 ,主要功能包括:提供ClassII力场,可优化DNA、RNA、糖类、脂质、蛋白、多肽及小分子模型的高级力场参数。基于生长和连接方法产生全新的小分子或对已有母核进行侧基改造;融合蛋白侧链优化、热区对接方法、配体多构象生成等多种方法,使用经典的CHARMm力场进行柔性对接;将柔性配体快速对接到受体相互作用热区的对接;基于受体结构的全新小分子设计;基于片断的小分子设计。 重要
8 提供蛋白质模建工具,主要功能包括:1、对蛋白家族序列分析、结构比对、进化踪迹分析;利用MODELER方法的自动同源蛋白建模;评价蛋白质一级结构和三维结构模型是否相容;生物信息学序列搜索、分析工具。提供对X射线晶体学实验数据到结构构建和精修的全套工具和工作流程;基于ZDOCK和RDOCK的经典的蛋白-蛋白对接及优化的商用程序,通过可视化界面调用,快速而准确的预测蛋白-蛋白复合物结果,并可对结果进行聚类分析;识别生物大分子中容易产生聚集效应的表面区域位点及区域大小,继而预测突变位点以提高蛋白质的稳定性。2、软件及其功能:拟购软件是可应用于蛋白质结构功能研究,以及药物发现。为科学家提供易用的蛋白质模拟、药物的设计与优化工具,需支持所有模块都能在同一视窗界面下调用,能够实现数据共享,同时License文件拟购软件在局域网上浮动运行。 非常重要
9 软件是以小分子化合物、生物大分子的设计与模拟为核心,主要模拟功能包括:1、生物大分子:支持蛋白/核酸的序列分析、蛋白进化分析、蛋白质三维结构的预测与模拟、蛋白质结构表面电荷分析及pKa值预测、膜蛋白的结构预测与模拟、抗体结构的预测与模拟、蛋白理性设计、虚拟氨基酸突变、二硫键预测、虚拟丙氨酸扫描、虚拟饱和突变、蛋白聚集效应预测、抗体的设计与优化、抗体人源化、抗体亲和力成熟、酶的设计与优化、核酸的设计与模拟、蛋白-蛋白(核酸/多肽)相互作用预测、蛋白-小分子相互作用预测、X-ray晶体结构解析等;2、计算化学:支持分子力学计算和分子动力学模拟、拉伸分子动力学模拟、量子力学分子力学(QM/MM)计算等;3、基于靶标结构药物设计:基于靶标结构的化合物虚拟筛选、全新药物设计、me too/me better药物设计、药靶作用机制解释、分子对接、基于片段的药物设计与改造等;4、基于配体药物设计部分:完全基于配体的药效团设计、基于配体-受体复合物的药效团设计、化合物数据库的构建和筛选、药效团数据库的构建与保存、基于药效团数据库的反向找靶。 重要
10 软件的应用主要涵盖药物、化学、生物三大学科,研究领域包括:疾病的发病机理研究、新药发现和设计、生物信息学、结构生物学、酶学、免疫学、病毒学、蛋白质工程、肿瘤研究、食品科学、环境毒理研究等。 重要
11 软件必须提供五个功能子包,配置清单如下: 1、基础模块包; 2、基于结构的药物设计工具包; 3、蛋白质模建工具包 ;4、提供基于小分子的设计工具包; 5、聚集效应预测工具包; 重要
12 保修范围:整个软件的所有模块;软件保证在一年维护期内至少一个新版本的更新。 售后服务要求:1、指导用户安装;2、指导用户培训两天;3、提供为期一年的软件更新和技术支持服务 培训要求:在安装调试完毕后,需提供两个工作日的技术指导培训,包括软件所涉及的基本原理、软件核心模块及采购方购买模块的基本使用方法、上机实际操作指导等 重要



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